Можно ли использовать средства, полученные по программе Молодая семья, дополнительно на жилье, приобретаемое по военной …

Полагаю, возможным. Ведь одним из условий участия в жилищной программе "Обеспечение жильем молодых семей" является наличие у молодой семьи дополнительных денежных средств, в т. ч. заемных. Однако, для точного ответа на вопрос, необходимо в подробностях знать все обстоятельства возможного приобретения жилья.