Я индивидуальный предприниматель(ЕНВД).По беремености и родам в поликлинике выдали больничный и справку о том,что я на …

В данной ситуации органы соц. защиты правы, оплата дородового и послеродового отпуска вообще не входит в их компетенцию. В соответствии с ФЗ "О государственных пособиях гражданам, имеющих детей" Право на пособие по беременности и родам имеют женщины, подлежащие обязательному социальному страхованию на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством. Таким образом, для реализации указанного права, Вам необходимо обращаться в органы соц. страхования, конечно, при условии, что Вы там числитесь в качестве застрахованного лица - ИП.